贝氏等孢球虫寄生在人十二指肠末端和近端空肠上皮细胞内。患者粪便中含有卵囊，为本虫感染阶段。卵囊呈长椭圆形，大小约为(20～33)μm×(10～19)μm。一端稍窄，呈瓶颈状。囊壁内外两层光滑透明。内层薄膜状，外层较坚硬而通透性相对较低。新鲜排出的卵囊通常含有一个成孢子细胞，但有时亦可有两个。当粪便排出后，成孢子细胞一分为二并分泌囊壁，形成大小约(7～9)μm×(12～14)μm的孢子囊。每个孢子囊经两次分裂，最终形成4个子孢子和一团颗粒状残留体。子孢子细长如新月状。因此，每个成熟的卵囊含有两个孢子囊，每个孢子囊又含有4个子孢子。
等孢球虫的生活史，包括裂体生殖、配子生殖和孢子生殖，前两者在宿主体内进行。人误食被成熟卵囊污染的食物或饮水后，卵囊在小肠内受消化液作用破裂，子孢子逸出并进入小肠黏膜上皮细胞内发育为滋养体。滋养体经数次裂体生殖后产生大量裂殖子。裂殖体破裂释放出裂殖子并侵入邻近的上皮细胞内继续其裂体生殖过程。大约1周后，部分裂殖子在上皮细胞内或肠腔中发育为雌、雄配子母细胞与雌、雄配子，经交配后形成合子并分泌囊壁发育为卵囊，在体内或随粪便排出并继续发育。

等孢球虫感染可持续数周乃至数年，大多症状轻微。腹泻为其主要症状，大便以黏液便多见，嗜酸性粒细胞常大量存在，但中性粒细胞则罕见。腹泻一天数次，但也有报告每天达二十余次持续3～4天，周期性发作达数月之久。此外，患者常有腹部绞痛、发热、恶心、呕吐、食欲减退、体重下降等。少数患者有小肠吸收不良，特别是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪颗粒。国外“志愿者”实验感染或实验室工作人员意外感染者中，症状以腹部不适、低热、腹泻多见。腹泻始于感染后1周，持续5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可继续10～20天。本病存在无症状带虫者，但由于大便中卵囊常被遗漏，准确的无症状带虫者数量无法确定。

等孢子球虫病是一种自限性疾病，多数患者虫体可自行被清除。本病目前尚无特效治疗。首选的治疗药物为磺胺甲

预后：在病原体治疗同时，应采取其他对症治疗措施。早期诊断与治疗可使绝大多数患者痊愈，死亡病例极为罕见。
预防：预防措施同其他肠道传染病。对无症状带虫者亦应予治疗。