真菌在分类学上已独立为界，与动物界、植物界、原核生物界和原生生物界平行。真菌具有坚固的细胞壁和真正的细胞核，不含叶绿素，是异养性的，以寄生或腐生方式生存，典型者兼有有性生殖和无性生殖，产生各种形态的孢子。根据生长特性与形态差异，可将真菌简单分为酵母、真菌和蕈(蘑菇)。其中对人类有致病性的真菌约有300多个种类。除新型隐球菌和蕈外，医学上有意义的致病性真菌几乎都是霉菌。根据侵犯人体部位的不同，临床上将致病真菌分为浅部真菌和深部真菌。真菌性肠炎即属于深部真菌病。
浅部真菌(癣菌)仅侵犯皮肤、毛发和指(趾)甲，而深部真菌能侵犯人体皮肤、黏膜、深部组织和内脏，甚至引起全身播散性感染。深部真菌感染肠道即表现为真菌性肠炎，可独立存在如婴儿念珠菌肠炎，或为全身性真菌感染的表现之一，如艾滋病并发播散性组织胞浆菌病。
真菌性食物中毒或称真菌中毒症，包括真菌毒素中毒和毒蕈中毒。因进食受真菌污染的食物或误食毒蘑菇所致。临床表现各不相同，部分病例伴有腹泻，尤其是胃肠炎型毒蕈中毒，表现为剧烈腹泻、腹痛和呕吐，但腹泻是单纯由真菌毒素引起，与细菌性食物中毒不同，不伴有病原菌的感染，故不属于感染性腹泻的范畴。侵犯肠道的真菌包括病原性真菌，如组织胞浆菌、副球孢子菌，以及条件致病性真菌，如念珠菌、曲菌、毛霉菌、地丝菌等。病原性真菌主要引起外源性感染，既可侵犯免疫功能低下者，亦常侵犯免疫功能正常者。条件致病性真菌则多见于内源性感染，发病与人体免疫力降低和肠道菌群失调有关。由于抗生素的广泛应用和艾滋病的流行，真菌性肠炎的发病率有逐年增加趋势。恶性肿瘤患者由于接受放疗或化疗，亦容易并发肠道真菌感染，但往往由于症状不典型而得不到及时诊断。据Prescott等报道，对890例恶性肿瘤病例尸检，肠道真菌感染的发生率为1.6%，病原包括念珠菌和曲菌。组织胞浆菌肠炎则已成为艾滋病患者的主要致死原因之一。因此，迫切需要提高对真菌性肠炎的认识，以便及时诊断和及早治疗，尤其需要特效的抗真菌药物加以防治。