近年研究提示脊髓亚急性联合变性有自身的免疫学发病基础。自身遗传素质可能起重要的作用。自身免疫功能紊乱，可产生胃壁细胞抗体或内因子抗体，胃黏膜淋巴细胞浸润，影响胃的泌酸功能和内因子的分泌。在自身免疫萎缩性胃炎患者中，抗IF免疫球蛋白可能与维生素B12的选择性吸收障碍关系密切。消化道疾病、胃肠道切除术后均可直接影响维生素B12的吸收而导致维生素B12缺乏。有资料表明部分胃切除患者15%有显著的血清维生素B12含量下降。先天性内因子缺乏或转运钴胺素代谢紊乱，均可影响维生素B12的代谢过程。亦有报道母乳喂养的婴儿，由于母亲摄入维生素B12过少而致婴儿发病。

男女均可累及。一般中年后起病(40～60岁)。病情逐渐加重。主要是脊髓后索、皮质脊髓束和周围神经损害的表现，也可有视神经损害。可有精神症状和脑部症状，但较少。
最常首先出现的症状为全身乏力和对称性肢体远端的麻刺、烧灼、发冷等感觉异常，尤以下肢为甚。感觉异常可向上伸展到躯干，在胸腹部产生束带状感觉。脊髓侧索变性时出现两下肢无力或瘫痪，肌张力增高，腱反射亢进和锥体束征阳性。后索变性时，下肢震动觉和位置觉等深感觉减退。因深感觉障碍产生不同程度的下肢共济失调，肢体动作笨拙，步态不稳，容易跌倒，闭目或在黑暗行走时更为明显，肌张力和腱反射减退或消失。晚期有括约肌症状。周围神经变性时，产生手套或袜子样分布的浅感觉减退或消失，腓肠肌压痛和肢端无力等。临床体征的轻重程度根据病变对周围神经、后索及锥体束影响的相对严重度而定。脑神经中除了视神经病变所表现的暗点、视力减退或失明外，一般不受影响。约5%患者有视神经损害。
少数患者出现猜疑、妄想、躁狂，后期有嗜睡、谵妄、痴呆、Korsakoff综合征，或严重情绪低落，甚至出现忧郁等精神症状。部分患者有胃酸缺乏。一部分患者有轻度或严重的贫血，偶尔周围血象正常，但骨髓中有恶性贫血的表现。可有轻微的舌炎，心慌、头昏、双下肢乏力和轻度水肿。有胃肠道疾病伴发时，有食欲减退、便秘或腹泻等。
早期进行治疗者，神经症状大多恢复。肢体瘫痪已逾两年以上者疗效较差。

严重者不经治疗神经系统症状会持续加重，甚至死亡。充分治疗后，贫血症状一般在数天或数周内明显改善，神经系统功能的改善较为缓慢。一般2个月可见有提高。治疗时采用维生素B12500～1000μg每天或隔天肌内注射1次，连续2周，以后改为100～200μg每天肌内注射1次或每周2～3次，3个月后小剂量维持，部分患者须终身用药。不能耐受肌注者，可口服用药。此外，需加强营养补充维生素B1、维生素C及其他神经营养药。
除药物治疗外，对受累肢体应加强功能锻炼，进行理疗和康复治疗，对易患者应及时消除易患因素或进行预防性治疗。

预后：早期进行治疗者，神经症状大多恢复。在发病3个月内进行充分治疗，常可获得完全恢复，病程后期则疗效甚差，肢体瘫痪已逾两年以上者疗效较差。故早期诊断，早期治疗对该病预后极为重要。
预防：合理膳食、防止维生素B1及B12缺乏,防治胃吸收不良症及恶性贫血。