食管闭锁的病因尚不清楚，可能与遗传因素、炎症或血管发育不良等有关。
1.基因遗传尚未完全证实，但部分临床资料提示，食管闭锁的后代可有同样的畸形。临床资料报道的102例食管闭锁中有9%是双胎的食管闭锁，已有多篇报告在食管闭锁病例中发现染色体异常，这可能为食管闭锁基因，其变化的区域为：3pter→P21，4pter→p15，4q31→qter，5q31→qter，6q13→q15，14q32→qter，18p，与18q(p＝染色体短臂，q＝长臂，ter＝终末端)。
2.环境致畸也有分析，如在妊娠期用雌激素和沙利度胺，或母亲患有糖尿病者均有影响。
3.食管闭锁中可能也存在着细胞与细胞间物质、迁移等问题有些学者采用生化、细胞学与遗传分子学等方法做过探索。

绝大多数食管闭锁新生儿出现症状在出生后几小时，以呼吸系统和消化系统的症状为主，特别是最常见的Ⅲ型食管闭锁，生后即表现唾液过多，泡沫状唾液可从口角溢出，也可从口鼻大量涌出。有的患儿在第1次喂养即出现呛咳，奶水从口鼻涌出，患儿呈明显呼吸困难，鼻扇并阵阵青紫，这是由于奶和唾液充满食管上段盲袋后，反流入气管及支气管的结果，此时如能迅速充分吸净盲袋中的奶汁和黏液，患儿情况会很快好转，此后每次喂奶均可发生同样症状。检查可发现两肺有明显痰鸣音，深吸气时可闻细湿

手术治疗为主。手术方法有经胸与胸膜外两种径路。术中食管近端内胃管指示很易找到，它多在上纵隔与脊柱间，轻轻分离食管与气管间组织，将其向上游离至胸腔入口，此步骤要格外小心，以免意外分破气管。食管远端通常正好在奇静脉的下方，由于其特殊的血液供应和神经分布，不可过多分离，勿损伤或切断迷走神经，以防术后胃功能障碍。食管气管瘘切断或结扎后与近端食管做侧-端吻合，尽量在无张力下行食管端-端单层吻合。在食管吻合过程中遇到有张力的情况下，可环形肌切开延长了食管近端减少张力。将胃管作支架引入远端食管内，缝合前壁4～5针，不拔除胃管，出现吻合口瘘则作喂养用。胸膜外不放引流管。单层端-端吻合远较端-侧吻合术后吻合口瘘或瘘管复发的发生率低。胸膜外径路的优点：对肺脏挫伤小，术后肺炎恢复快，如有吻合口瘘，经禁食、肠外营养及抗生素治疗可保守自愈。至于手术途径经胸腔还是经胸膜外，各家看法不一，有人统计两者对死亡率影响无显著差异。
治疗长段食管闭锁，包括Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲa型及高危食管闭锁(有重症肺炎的早产儿或其他严重畸形)的手术方法，除上述Livaditis食管肌层环形切开术外，还可有以下几种处理方法：
1.延期食管吻合术即先做胃造口术。一期吻合的最佳时间最好在食管端自然增长是在生后第8周内，此时食管增粗肥厚，同时两端接近。术前须行食管扩张，临床报道的扩张方法有水银袋扩张法、橄榄球状扩张条在全麻及透视下扩张法（改良的Rehbein法）、微型电磁石经胃造口向上伸展食管远端法等。美国有人采用穿线法即远、近端用1条线穿通，线的两端分别从口腔和胃造瘘口拉出，每天拉动穿通线，逐渐加粗此线，在食管两端间形成纤维隧道，再慢慢扩张上皮化的新食管。
2.分期食管吻合术有两种方法：传统做法是左侧颈部食管造瘘，在6个月至1岁时做结肠或胃管代食管手术。第2种为胃转移行食管替代术即将胃提入胸腔重建食管。
3.1962年对高危患儿采用分期手术的概念如先做胃造口及胸膜外食管气管瘘结扎，近端盲袋持续吸引，肺炎好转再做食管吻合术，但近10年来很少用以上方法。
4.手术后处理基本同术前，术后保持呼吸道通畅，吸痰导管进入长度短于7～8cm，以免损伤吻合口形成瘘，术后5天做食管造影，口服复方泛影葡胺（泛影葡胺），看有无吻合口瘘，没有瘘即可经口喂养。

预后：食管闭锁术后预后判断多按照Waterston(1953)与Spitz(1992)的标准评估，许多专科医院也都有自己的评估经验。芬兰总结30年治疗食管闭锁500例，其中体重少于2500g无其他畸形患儿的成活率为88%，他们认为目前死亡的重要原因是伴发其他严重畸形。1993年Alexander报道体重少于2000g伴有严重肺炎的高危患儿，应用分期修补成活率达80%以上。国内食管闭锁的治愈率偏低，1996年Brown提出用食管闭锁距离分类来反映手术效果，把患儿分3型：长距离＞3cm，中距离1～3cm，短距离＜1cm，提供了又一种评价预后的有用方法。