结肠小带纤毛虫生活史中有滋养体和包囊两个时期。滋养体呈椭圆形、无色透明或淡灰略带绿色，大小为30―200μm。全身披有纤毛、获得滋养体可借纤毛的摆动呈迅速旋转式运动。虫体极易变形，前段有一凹陷的胞口，下接漏斗状胞咽，颗粒食物借胞口纤毛的运动进入虫体，形成食物泡经消化后，残渣经胞肛排出体外。虫体中、后都各有一伸缩泡具有调节渗透压的功能。苏木素染色后可见一个肾形的大核和一个圆形的小核，后者位于前者的凹陷处。包囊圆形或椭圆形，直径为40―60μm。淡黄或淡绿色，囊壁厚而透明，染色后可见胞核。
包囊污染的食物和饮水经口进入宿主体内，在胃肠到脱囊逸出滋养体。滋养体在结肠定居，以淀粉克敌之细菌及肠壁脱落的细胞为食，迅速生长，以横二分裂进行繁殖，在分裂早期虫体变长。中部形成横溢并收缩。后面的个体另长出胞口，小核首先分裂，大核延长并在中部收缩形成两个核，然后虫横溢处分开。前面的收缩泡进入前面子体，后端的收缩泡则进入另一子体。刚形成的子体较母体小，通过结合生殖逐渐恢复原来大小。在一定的条件下滋养体还可侵犯肠壁。由于肠内理化环境的变化，部分滋养体变圆，并分泌囊壁成为包囊，包囊随粪便排出体外。包囊在外界无囊内增殖。滋养体若随粪便排出，也有可能在外界成囊，人体内的滋养体较少形成包囊。