能引起胃真菌病的主要菌种是白色念珠菌(monilia albicans)和曲霉菌(aspergillus)，而放线菌则较为少见。据Bearse(1936)的意见，胃黏膜的局部血循环障碍或免疫力的减退，可能为真菌病的发生基础。

临床表现无特异性，可以似胃炎、胃溃疡或癌肿而难于区分。X 线检查也不能对诊断有何帮助。虽然在呕吐物及胃内容物中常能发现大量真菌，但因胃真菌病是如此少见，而胃内容物中可能发现真菌机会甚多，故单纯发现真菌并不能认为是胃真菌病。文献上所有已经报道的胃真菌病均未能有正确的临床诊断，而最后的确诊只能有赖于手术或活组织检查。

术前的正确诊断实属困难，则非手术疗法亦难确定其疗效。Bearse 曾认为：因碘化物对胃真菌病有效，故对可疑的胃真菌病患者亦可试服大剂量的碘化物。在当前抗真菌药物已经大大发展的情况下，胃真菌病的治疗已完全改观。因真菌病而致出血或穿孔者，应立即手术治疗。

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