微孢子虫属微孢子门、微孢子目。迄今从人体中至少已发现有5个属的微孢子虫，它们是匹里虫属、小孢子虫属、脑炎微孢子虫属、肠上皮细胞微孢子虫属和微孢子虫属。微孢子虫分布很广，以往已知是一种动物病原体，80年代人们才逐渐认识到它具有感染人的能力，引起微孢子虫病。
形态与生活史：成熟孢子为卵圆形，其大小因虫种而异，约为0.8―1μm×1.2―1.6μm，具折光性，革兰氏染色呈阳性，姬氏或HE染色，着色均较淡，孢子壁光滑。电镜下可见孢子壁由外两层构成。内比里面有一极薄的胞膜，细胞核位于中后部，围绕细胞核有一螺旋形极管（或称极丝）。孢子的前端有一固定盘与极管相连，形成一突起，后端有一空泡，孢子母细胞呈香蕉形，一端较尖，一段钝圆，大小为3―5μm×4―8μm。HE染色。细胞核位于虫体中部呈深紫红色，核与外膜之间有管状物，着色较淡。消化道为孢子虫感染是由于成熟孢子被吞入后侵入肠壁细胞所致。其他部位的感染则是微孢子经消化道进入人体后，通过血循环而到达不同部位。当孢子受到刺激后，其极管伸出，刺入临近细胞，将其有感染性的孢子质注入新的宿主细胞而使其感染。随着其在宿主细胞内生长、增殖、逐渐向周围细胞扩散或经血循环播散至肝、肾、脑、肌肉等其他组织器官。
不同的为孢子崇德发育周期虽有不同，但都由裂体增殖开始并扩散到其他细胞，然后是孢子增殖，且都在同一宿主体内进行。一般3―5天为一周期，无有性生殖期。有些为孢子虫是在宿主细胞胞浆中的纳虫空泡内生长繁殖，有的则直接在宿主细胞胞浆中生长。