其发生可能与酒精直接损害宫内胎儿相关。有关研究发现，大量嗜酒母亲的胎盘有超微结构的变化，可能间接影响了胎儿，使胎儿发育不良或畸形。此外，胎儿酒精综合征还可能与酒精氧化的代谢产物乙醛对细胞的毒性作用，导致胎儿神经细胞发育障碍有关。

1.特殊面容和多种畸形受累胎儿的身长相对较短；多有眼裂短小、内眦皱褶明显、斜视、近视、上睑下垂；鞍鼻、鼻孔朝天或鼻孔前倾；上唇变薄、人中圆凸、过长或缺如；面中部扁平发育不全、耳轮后旋或发育不全、下颌后缩(婴儿期)、下颌或上颌突出(成年期)，唇裂和腭裂较一般人群多见。手掌呈现纵向掌纹、手指屈曲畸形及（或）其他关节运动受限。也可有心脏畸形(一般为室间隔缺损)，外生殖器异常。随年龄增长可有小头畸形或脑干畸形引起的脑积水、脑脊膜膨出和腰骶部脂肪瘤。也有文献报道无胼胝体、无嗅脑、脑穿通畸形，丘脑和下丘脑发育不良和海绵样改变，以及脊髓空洞症等。
渡过新生儿期的患儿即使有理想的生长环境，也有一半患儿体重、身高和头围达不到正常标准。
2.新生儿常表现吸吮和睡眠障碍，多数患儿有易激惹、多动和震颤，这些症状除持续存在外，与酒精戒断综合征相似。
3.患儿常有不同程度的智力落后表现有注意力分散、粗心大意、多动和精细运动不协调，这些是患儿在儿童早期的突出症状。这种患儿也常可被诊断为注意力缺陷综合征。80%胎儿酒精综合征患儿可有语言障碍，主要表现为发单音字或整句话有困难。

无特殊治疗方法。母亲在孕前及孕期应尽可能禁酒。

预后：与母亲怀孕期间饮酒多少相关，胎儿病变范围程度不同，预后不同。可能仅有综合征的部分表现，也可能为无脑儿或死胎。
预防：目前FAS主要在于预防，母亲在孕前及孕期禁酒是主要措施。