食管的真菌感染以念珠菌最常见，其中又以白色念珠菌感染最多见。其他少见的真菌感染有曲菌、组织胞质菌、隐球菌和芽生菌等。在人的口腔中白色念珠菌属于正常寄生菌，受其他共生菌的制约，一般情况下不致病，当人体抵抗力或免疫力降低及食管黏膜损伤时，如晚期癌、糖尿病、长期应用广谱抗生素和免疫抑制剂，以及食管癌放疗后、反流性食管炎等，随着唾液咽下易引起食管炎。最常见的真菌感染性食管炎是念珠菌性食管炎。化脓性原发急性食管炎，虽有报道但极少见，亦可继发于上呼吸道的链球菌及白喉杆菌感染。