人芽囊原虫广泛分布于世界各地。曾经长期被认为是一种对人体无害的酵母，近年来大量证据表明，该虫是寄生在高等灵长类和人类肠道内可致病的原虫。有关其分类地位争论较久，曾先后被归入孢子虫亚门（1967）和肉足虫亚门、阿米巴目、芽囊原虫亚目（1988）。但是许多学者对这种分类提出异议。江静波、何建国（1993）提出该虫应属芽囊原虫新亚门，芽囊原虫、芽囊原虫目、芽囊原虫科、芽囊原虫属。
形态与生活史：该虫大小差异较大，直径4―63μm，多数为6―15μm，形态结构复杂，体外培养有空泡型、颗粒型、阿米巴型和复分裂型4种类型虫体，粪便中常见为空泡型。光镜下碘染，空泡型虫体呈圆形，直径4―15μm。中央见透亮的大空泡。核呈月牙状或块状。核数1―4个不等。颗粒型虫体充满颗粒状物质，颗粒分为代谢颗粒、脂肪颗粒和繁殖颗粒3种，活体观察阿米巴型虫体形似溶组织内阿米巴滋养体，形态多变，体内有许多明显的小颗粒遏制，移动极缓慢，复分裂型虫体，一个虫体分裂成3个、4个或更多。
人芽囊原虫生活史尚不完全清楚，有学者通过观察研究，认为其生活史可空泡型―阿米巴型―空泡型。空泡型也可转变为颗粒型和复分裂型。阿米巴型是致病型虫体。其生殖方式包括：（1）二分裂；（2）空泡型虫体中心出现颗粒，转变为颗粒型虫体，虫体生殖颗粒发育成子细胞；（3）内二芽殖和（4）裂体增殖。
该虫广泛寄生于人和其他灵长类动物，以及狗、猪、猫、小鼠、大鼠、家兔、豚鼠、蛙、蛇、蚯蚓和家禽等，主要寄生在回盲部。