免疫功能低下为隐球菌发病的重要诱因。

肺部隐球菌感染的初期，多数病人可无症状。少数病人出现低热、轻咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎症状。在艾滋病人中隐球菌感染经常是广泛播散的。在免疫功能重度受损的病人中可以发生急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。X 线表现为多形性，轻者仅表现为双肺下部纹理增加或孤立的结节状阴影，偶有空洞形成。急性间质性炎症可表现为弥漫性浸润或粟粒样病灶。需与肺结核、原发或转移性肺癌鉴别。John.R.Perfect 的经验是隐球菌感染时，X 线表现可以是在任何一个肺叶，任何类型的浸润、结节或渗出都可以发生。近年来在同时有艾滋病毒（HIV）感染的病人中更常见的表现有酷似卡氏肺囊虫感染的间质浸润。由于肺部隐球菌感染可以与肺部其他疾病过程重复出现，所以X 线更无典型特征。

对于单纯有呼吸道隐球菌寄生的慢阻肺病人，当没有肺部受侵犯的证据时应定期随访。对胸片有肺实质受侵犯，呼吸道分泌物培养中分离出新型隐球菌的病人应给予积极的治疗，防止发生血源性播散。对于免疫功能低下的病人因病变极易由肺播散到中枢神经系统所以既使其脑脊液检查还是阴性结果，亦应极早开始系统治疗。治疗中以两性霉素B 作为首选药物，单用两性霉素B 时从小剂量开始每天0.1～0.25mg/kg，逐渐增加至每天1mg/kg，加入5%葡萄糖液中，滴注时间不少于6～8h，一个疗程总剂量为1～2g。国外学者统计在艾滋病病人中有7%的人并发新型隐球菌的感染，在治疗中多采用积极的抗真菌治疗。选择两性霉素B 和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)的联合应用。两性霉素B：0.3mg/(kg?d)，氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)100mg/(kg?d)(分四次口服)。平均4～6 周即可见到临床效果。对于两性霉素B 的肝、肾毒性及可能引发的血管炎，氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)引起的骨髓抑制和腹泻造成的电解质紊乱，应给予认真的监测。出现毒副反应的病人应被减少药物剂量。对于不能耐受两性霉素B 和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)的病人，推荐选用静脉滴注氟康唑(大扶康)，首日剂量400mg，以后每天200mg。其可有效的进入脑脊液。对临床症状较轻而有隐球菌感染证据的病人可以采用口服氟康唑或伊曲康唑。因伊曲康唑在脑脊液内浓度较低，一般作为维持治疗，每天400mg 用药1～47 个月(平均12 个月)，复发率为13%。用药时间长短取决于隐球菌培养及血清荚膜多糖抗原的阴转情况。单一肺部结节病灶的隐球菌感染，是否行外科手术切除目前还有争议。多数意见赞成抗真菌药物治疗，因为除了少数单一结节外科手术治疗有效，多数病例不可能完全切除肺部隐球菌结节或团块以控制感染。个别病人因胸膜渗出需作引流。其余绝大多数病人药物治疗就可以达到治疗目的。

预后：该病原菌主要侵犯中枢神经，对脑膜和脑组织有亲和性，故脑隐球菌病80%以上，死亡率最高。
预防：主要措施：
1.长期大量抗生素的应用，可引起机体菌群失调；肾上腺皮质激素滥用，可抑制机体的免疫反应。这些都为隐球菌的感染和扩散创造了条件。因此，应严格上述药物的使用指标，杜绝滥用。对于长期应用抗生素或肾上腺皮质激素的病例，若病情未见好转或恶化者，应考虑有隐球菌感染的可能，及时病原学检查。
2.隐球菌病多继发于其他疾病，原发性较少见。对恶性肿瘤、慢性消耗性疾病、结缔组织疾病和器官移植的病例，一旦发生可疑隐球菌感染，应立即查清病原，及时予以治疗，而且用药时间应适当延长。
3.注意卫生保健，忌食腐烂变质的梨、桃等瓜果，防止鸽粪、鼠粪污染环境。