病毒性食管炎(viralesophagitis)的致病微生物是疱疹病毒,故又名疱疹性食管炎(herpeticesophagitis)。虽然存在于自然界的疱疹病毒约有70种,但目前认为主要有单纯疱疹病毒(herpessimplexvirus,HSV)Ⅰ和Ⅱ(HSV-Ⅰ、HSV-Ⅱ)、水痘-带状疱疹病毒(HZV)、巨细胞病毒(CMV)和Epstein-Barr病毒(EBV)等5种可引起人类疱疹性食管炎,其中以HSV较为常见,在食管感染性疾病中仅次于白色念珠菌。1986年,Salahuddin等分离出一种新的人类疱疹病毒6(humanherpesvirus-6,HHV-6),但目前尚无致食管炎的报告。此外,亦有人称非疱疹病毒中人类免疫缺陷病毒(HIV)、乳头瘤病毒(papillomavirus),乳头空泡病毒(papovavirus)、脊髓灰质炎病毒(poliovirus)等可能也是病毒性食管炎的致病微生物,但缺乏充分论据。