临床工作中，目前仅能在1/3―1/4的中枢神经病毒感染病例中确定其致病病毒，其中80％为肠道病毒，其次为虫媒病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒、腮腺炎病毒和其他病毒等，虽然当前在多数患者尚难确定其病原体，但从其临床和实验室资料，均能支持急性颅内病毒感染的可能性。

病情轻重差异很大，取决于病变主要是在脑膜或脑实质。一般说来，病毒性脑炎的临床经过较脑膜炎严重，重症脑炎更易发生急性期死亡或后遗症。
（一）病毒性脑膜炎
急性起病，或先有上感或前驱传染疾病。主要表现为发热、恶心、呕吐、软弱、嗜睡。年长儿会诉头痛，婴儿则烦躁不安、易激惹，一般很少有严重意识障碍和惊厥，可有颈项强直等脑膜刺激征，但无局限性神经系统体征。病程大在多―2周内。
（二）病毒性脑炎
起病急，但其临床表现因主要病理改变在脑实质的部位、范围和严重程度而有不同。
1、大多数患儿在弥漫性大脑病变基础上主要表现为发热、反复惊厥发作、不同程度意识障碍和颅压增高症状。惊厥大多呈全部性，但有可有局灶性发作，严重者惊厥持续状态。患儿可有嗜睡、昏睡、昏迷、深度昏迷，甚至去皮质状态等不同程度意识改变。若出现呼吸节律不规则或瞳孔不登大，要考虑颅内高压并发脑疝可能性，部分患儿尚伴偏瘫或肢体瘫痪表现。
2、若脑部病变主要累计额叶皮层运动区，临床则以反复惊厥发作为主要表现，伴或不伴发热，多数为全部性或局灶性强直―阵挛性发作，少数表现为肌阵挛或强直性发作。皆可出现痫性发作持续状态。
3、若脑部病变主要累积额叶底部，颞叶边缘系统，患者则主要表现为精神情绪异常，如狂躁、幻觉、势语、以及定向力、计算力与记忆力障碍等，伴发热或无热，多种病毒可引起此类表现，但由单纯疱疹病毒引起者最严重，该病毒脑炎的神经细胞内易见含病毒抗原颗粒包涵体，有时被称为急性包涵体脑炎，常合并惊厥与昏迷，病死率高。
其他还有以偏瘫、单瘫、四肢瘫或各种不自主运动为主要表现者，不少患者可能同时兼有上述多种类型表现，当病变累积锥体束时出现阳性病理征。
病毒性脑炎病程大多2―3周，多数完全恢复，但少数遗留癫痫、肢体瘫痪、智能发育迟缓等后遗症。

本病缺乏特异性治疗。但由于病程自限性，急性期正确的支持与对症治疗，是保证病情顺利恢复、降低病死率和致残率的关键，主要治疗原则包括：
1、维持水、电解质平衡与合理营养供给，对营养状况不良者给予静脉营养剂或白蛋白。
2、控制脑水肿和颅压内高压。
3、控制惊厥发作及严重精神行为异常。
4、抗病毒药物：无环鸟苷每次5―10mg/kg，每8小时1次，或其衍生物丙氧鸟苷，每5mg/kg，每12小时1次。两种药物均需连用10―14天，静脉滴注给药，主要对单纯疱疹病毒作用最强，对其他如水痘―带状疱疹病毒、巨细胞病毒、EB病毒也有抑制作用。