圆柱瘤发生恶变者罕见，约已报告14例。肿瘤大都多发，少数单发，多发者仅一个或数个恶变，可转移到局部淋巴结或内脏。也有个别病例开始就是恶性的。

手术切除，部分病例可痊愈。